Die ca. 42000 alten Drucke des so genannten Depositums Erfurt (Dauerleihgabe der Stadt Erfurt) kommen hauptsächlich aus Erfurter Kloster- und Schulbibliotheken, aus der Bibliotheca Amploniana und den Bibliotheken zweier kurmainzischer Statthalter (Philipp Wilhelm von Boineburg und Carl Theodor von Dalberg). Nach der Schließung der alten Erfurter Universität 1816 konnte die wertvolle Sammlung in Erfurt gehalten werden. Sie ist seit 1908 Eigentum der Stadt Erfurt und wurde im Dezember 2001 als Dauerleihgabe an die wie­dergegründete Universität Erfurt übergeben.

Bibliothek der alten Universität Erfurt

Eine Bibliothek der Artistenfakultät der alten Universität Erfurt wird bereits mit der Eröff­nung der Universität 1392 angenommen, aus ihr ging die allgemeine Universitätsbibliothek hervor. Neben systematischen Ankäufen waren es bis 1510 vor allem Schenkungen, durch die sich der Bestand vermehrte. Bei der Erstürmung des Collegium maius der Universität im Jahr 1510 wurde ein Teil der dort aufgestellten Bibliothek beschädigt. Der Ausbau der Bibliothek wurde offenbar spätestens seit dieser Zeit nicht mehr kontinuierlich fortgesetzt. Eine Bele­bung erfuhr die Bibliothek erst 1691, als der Rektor Georg Christoph Petri von Hartenfels (gest. 1718) 261 ungeordnet vorgefundene Bände als Bibliothek aufstellen ließ, einen Biblio­thekar einsetzte, die Angehörigen der Universität zu Bücherschenkungen aufforderte und selbst Bücher gab

Zu Anfang des 18. Jahrhunderts erhielt die auf 503 Bände angewachsene Universitätsbiblio­thek einen großen Zuwachs durch die Stiftung des kurmainzischen Statthalters in Erfurt, Phi­lipp Wilhelm von Boineburg (gest. 1717), der im Wesentlichen die Büchersammlung seines Vaters schenkte. Zur Förderung von Bibliothek und Universität legte Philipp Wilhelm von Boineburg 1716 ein Gesamtfundationsinstrument vor, das neben der Stiftung der Bibliothek und einer Professur in der juristischen Fakultät der Universität auch ein Kapital von 10.000 Reichstalern vorsah.

Im 18. Jahrhundert wurde die Universitätsbibliothek durch die Aufnahme weiterer Sammlun­gen, wie der Bibliothek des aufgelösten Erfurter Jesuitenkollegs und des älteren Teils der Er­furter Ratsbibliothek, erweitert.

Im 19. Jahrhundert kamen vor der Schließung der Universität Teile der Bibliothek des Peters­klosters, der Erfurter Kartause und des Schottenklosters hinzu. Nach der Universitätsschlie­ßung erhielt die nun so benannte königlich preußische Bibliothek die Buchbestände des sä­kularisierten Klosters der Augustinereremiten. Schließlich wurde auch die Büchersammlung des letzten kurmainzischen Statthalters Carl Theodor von Dalberg, die er zuvor zu gleichen Teilen dem evangelischen und katholischen Gymnasium übergebenen hatte, in der Königlich Preußischen Bibliothek zu Erfurt vereinigt. Sie war im Gebäude des Kurmainzischen Packho­fes auf dem Erfurter Anger (dem heutigen Angermuseum) untergebracht.

Auch die Bibliotheca Amploniana, die über lange Zeit in den jeweiligen Räumlichkeiten des Collegium Porta Coeli ein Eigenleben führte, wurde nun in Räumlichkeiten des Kurmainzischen Packho­fes aufgestellt. 1908 gingen die Bestände der Königlich Preußischen Bibliothek in den Besitz der Stadt Erfurt über. 2001 wurden die historischen Handschriften- und Buchbestände der Stadt Erfurt, die in der Stadt- und Regionalbibliothek aufbewahrt worden waren, als Depositum der Stadt an die 1994 ins Leben gerufene Universität Erfurt überführt. Seitdem stehen die historischen Bestände der alten Erfurter Universität im  Sonderlesesaal der neuen Universitätsbibliothek der Wissenschaft zur Verfügung.