Die Universitätsbibliothek Erfurt wird als zentrale Bibliothek der Universität Erfurt bereits 1993, also ein Jahr vor der (Wieder-)Gründung der Universität, ins Leben gerufen und beginnt in provisorischen Räumen und angemieteten Magazinen einen Buchbestand aufzubauen. Die Katalogisierung erfolgt ab 1. März 1995 mit der Bibliothekssoftware PICA im „Gemeinsamen Bibliotheksverbund“ (GBV).

Die Grundsteinlegung für den Bibliotheksneubau findet am 18. April 1998 statt. Im Frühjahr 2000 kann der Neubau bezogen werden und am 28. August startet dort auch der Benutzungsbetrieb.

In den Jahren zwischen Gründung der UB Erfurt und Bezug des Neubaus werden mehrere Bibliotheken und Sammlungen übernommen, u.a. im Jahr 1995 die Bibliothek der ehemaligen Kirchlichen Hochschule Naumburg (als Dauerleihgabe der Evangelischen Kirchenprovinz Sachsen) und die Privatbibliothek des amerikanischen Soziologen Edward Shils als antiquarischer Ankauf. Im Dezember 1997 schenkt das Ehepaar Helena und Helmut Teufel seine Privatbibliothek mit allen künftigen Neuerwerbungen der Universität Erfurt.

Seit dem 12. Mai 1999 bilden die Universitätsbibliothek Erfurt und die Forschungs- und Landesbibliothek Gotha als Forschungsbibliothek Gotha gemeinsam die Universitäts- und Forschungsbibliothek Erfurt/Gotha.

Zum 1. Januar 2000 wird die Bibliothek der Pädagogischen Hochschule in die Universitätsbibliothek integriert, nachdem die beiden Hochschulen bereits seit 1997 in Bibliotheksangelegenheiten kooperieren.

Im Dezember 2001 werden die Handschriftenbestände und alten Drucke der Stadt als Depositum Erfurt durch die Universitätsbibliothek übernommen. Die Sammlungen stehen seit Oktober 2002 im Sonderlesesaal der Universitätsbibliothek der Wissenschaft zur Verfügung.

2002 schenkt die Katholische Kirche die Bibliothek der Theologischen Fakultät Erfurt der Universität. Die Universitätsbibliothek beginnt die Integration der Buchbestände im Folgejahr.

2003 schließlich erwirbt der Freistaat Thüringen mit Unterstützung der Kulturstiftung der Länder die Sammlung Perthes. Sie wird durch die Forschungsbibliothek am Standort Gotha betreut.
Im gleichen Jahr noch erhält die Universitätsbibliothek einen Teil des Nachlasses der Islamwissenschaftlerin Annemarie Schimmel.